С помощью подаваемого на вентилятор напряжения. Некоторые материнские платы могут управлять им из под BIOS или Windows, также можно приобрести специальную перемычку (12 вольт на 7 или 5), или сделать самому, добавив резистор в цепь.
http://electrik.info/main/praktika/112-osnovy-yelektrotexniki-dlya-lyubitelej.html