Да, инцест у животных встречается. Например, у горилл - наших родственников. Но он не очень распространен.
Кроме того, среди животных хватает гермафродитов, а среди гермафродитов - таких, которые сами себя оплодотворяют.
Преувеличены также представления и об абсолютной аутбредности большинства видов приматов. Спаривания между близкими родственниками встречаются у гиббонов в естественных условиях: в случае гибели одного из супругов половозрелый детеныш противоположного пола образует пару со своим родителем. У горилл отмечено спаривание молодого половозрелого самца, не покинувшего родную группу, с матерью. Инцест наблюдался и в односамцовых группах павианов гамадрилов в условиях вольного содержания в Гумистинском заказнике: в сексуальные отношения вступали родные братья — сестры. Правда, число таких случаев относительно мало: из 88 парных связей между самцом и самкой лишь в одном случае партнеры имели общих отца и мать, в двух — общую мать и в 18 — общего отца.
http://www.activestudy.info/rodstvennye-svyazi-i-izbeganie-inbridinga-u-primatov/
Синхронный (или одновременный) гермафродит (или гомогамный) представляет собой взрослый организм, который имеет мужские и женские половые органы одновременно. Часто встречается самооплодотворение.
...
Свободно живущие гермафродитные нематоды круглые черви размножаются преимущественно путем самооплодотворения, но изредка происходит скрещивание с распространенностью примерно в 1%.
...
Мангровый фундулюс (Мраморный ривулус) – это вид рыб, которые живут вдоль восточного побережья Северной, Центральной и Южной Америки. Данные рыбы представляют собой синхронных гермафродитов. Мраморный ривулус производит яйца и семя посредством мейоза и постоянно размножается с помощью самооплодотворения. Каждый отельный гермафродит обычно оплодотворяет себя, когда яйца и семя вырабатываются внутренним органом в организме рыбы.
UPD.
У домашних животных к обычным случайным и неслучайным факторам, способствующим инцесту (например, территориальная изоляция малой группы, жизнь в односамцовых гаремных группах - как на воле живут, кстати, лошади - и т. п.) добавляется человек, вмешивающийся в их размножение. При выведении и поддержании пород люди часто прибегают к близкородственному скрещиванию - нередко в форме инцеста. Скрещивают элитного производителя не только с самками со стороны, но и с собственными дочерьми. В результате, кроме желанных свойств (повышенная удойность, скажем, или определенный внешний вид), у "породистых" животных часто встречаются различные генетически обусловленные дефекты и особенности. А генетическое разнообразие внутри породы искуственно снижено, что понижает общую устойчивость к инфекциям.
А если, например, говорить о домашних животных, таких как кошки-собаки?