Закладки в Яндекс.Карты

закладки - часть залогиновых данных пользователя. Через API они недоступны, такая функциональность не планируется.

Жаль и очень зря. Бизнес-интеграция страдать будет. Не помогаете вы автоматизации.
Ещё у вас календарь откусывает нестандартные данные при сохранении на аккаунте яндекса, что очень огорчает iCal с его удобным временем поездки.
Приходится признавать, что сейчас нет практически ни одного готового решения WebDav, которое работало бы из коробки и без принципиально нерешаемых проблем. Даже андроид не умеет WebDav (sic!).

возможно, для вашей задачи нужны не закладки, а Конструктор карт - там пользователь может создать объекты на карте, а потом экспортировать их в файл или пошарить в виде ссылкию

Нет. Мне надо добавлять объекты на карту по API (в аккаунт Ya), а потом видеть их в навигаторе. Без прослоек, рук и СМС.

возможности для записи данных в профили пользователей Яндекса через API нет и не планируется. 

Понятно.
И очень зря. Без этого карты не пригодны для человеческой интеграции устройствами от слова «вообще».
Плохая экосистема. Слишком закрытая и не компенсирующая эту закрытость очевидными удобствами.
Дело ваше.

а мне необходимо залить  объекты пользователя с карт в црм для их дальнейшей обработки. Но этого никак не сделать, это очень неудобно. А вы даже не планируете улучшать!?

в Конструкторе доступен экспорт объектов через интерфейс