Если вы ставите асинхронный код, по остальные скрипты продолжают грузится и код метрики их не блокирует. В случае синхронного кода ситуация блокировки загрузки возможно. Но в целом код построен таким образом, что такая ситуация ОЧЕНЬ маловероятна даже в случае конфликтов с остальными скриптами ни странице. Сервера метрики расположены максимально распределенно в нескольких Дата Центрах и выход из строя даже большинства из них не может привести в тому что данные перестанут собираться.

Практически всегда ставлю их в конце страницы. Данные по Метрике, Гугл аналитикс и Лайвинтернет различаются несильно.