Здравствуйте! Вы можете использовать разные счётчики Метрики для каждого из ваших сайтов. В настройках кода счётчика вам нужно указать одно и то же значение домена - домен верхнего уровня. После этого добавьте код каждого из счётчиков на соответствующие сайты в составе вашего домена - на каждый сайт свой код счётчика.