Здравствуйте!

В стандартном формате запросов к api замените параметр id=НОМЕР_СЧЁТЧИКА на параметр ids=НОМЕР_СЧЁТЧИКА1,НОМЕР_СЧЁТЧИКА2

(id -> ids ,номера счётчиков записываются через запятую)

Обратите внимание, что нужно использовать авторизационный токен с правами на доступ ко всем перечисленным в запросе счётчикам.

Список счётчиков с определённой меткой можно получить через запрос вида https://tech.yandex.ru/metrika/doc/api2/management/counters/counters-docpage/
прописав нужное значение параметра label_id (фильтра по метке).