Здравствуйте!
Пользователь обязательно должен подтверждать, что он дает права приложению на доступ к его данным, поэтому осуществить такую настройку возможности нет.

>Дано: Конфиг с данными пользователя.
 
Если у Вас есть данные пользователя, то можно написать ещё одну серверную программу - эмулятор действий пользователя: бот должен в webBrowser логинится в Яндексе под именем пользователя, заходить на веб-страницу приложения и подтверждать разрешения. Увы, это будет со всем что Вы перечислили, но зато без реального живого пользователя (т.е. всё можно будет делать на автомате).