При полном скрытии тоннеля под зданием в районах плотной застройки его почти не будет видно.

Более оптимальным кажется какой-либо полупрозрачный вариант отображения, чтобы и здание не перекрывалось, а тоннель было видно.

(+1)

Таких тоннелей очень мало, над которыми плотная застройка. В Москве, пожалуй, всего один проходит под зданиями - Лефортовский: http://n.maps.yandex.ru/-/CFsB7SIf

Если он частично и перекроется этим зданием, не страшно, а вот сейчас совсем неправильно: здание под тоннелем.

Полупрозрачный вариант - это хорошо, только тогда здание д.б. полупрозрачным.

+1 к полному перекрытию зданиями и добавлению прозрачности.

(-1) 

дорога должна быть видна на карте в любом случае, и полностью её скрывать нельзя

Она должна отличаться от наземных дорог (например, быть пунктирной)

Я имел ввиду не полную прозрачность, а снижение плотности заливки до 50-70%.

Потому на карте полу прозрачная дорога останется в любом случае, кроме пересечения со зданиями.

мне кажется, что дома тоже не должны полностью перекрывать дорогу, и вот почему:

К примеру, внутридворовый проезд проходит через арку дома. Если мы сделаем ПОЛНОЕ перекрытие дороги домом, то на схеме мы увидим два разных участка дороги (рис. 1), подходящих к дому и упирающихся в него, а не сквозной проезд (рис. 2).

Идеальный вариант - когда такая дорога отображается пунктиром или полупрозрачной (рис. 3) 

(+1) Меня этот вопрос тоже мучает

По парку идёт дорога

(+1)