Снова столкнулся с ограничением размера объектов по площади, например я не могу это НИИ в Сосновом Бору обозначить научным учреждением, т.к. его площадь слишком велика, что для НИИ вобщем-то неудивительно. 

Стоит ли делить по кускам? Как это делают с морями и или островами?

Почему для городов или областных районов нет таких проблем, а с островами, рельефом и в частности с НИИ есть такие проблемы. Почему бы не убрать ограничения для всех типов (или сделать её фиксированной, но достаточно большой), если есть уже ограничение по количеству точек в объекте? Насколько я понимаю вы ограничивали размер объектов в целях повышения производительности, но большой ли вклад это вносит? 

Топ самых больших объектов можно кэшировать, для браузера это будет легче, нежели отрисовывать 100 полигонов для того же острова или водоёма. Много полигонов прекрасно для совместного редактирования, но можно было бы виртуально разделить полигон и если человек не меняет все точки, а какой-то участок, то в некоторых случаях можно будет смержить (объеденить) изменения с другим редактором.