Добрый день. 
Модель можно сделать в любом предназначенном для этого редакторе.
Технические требования к присылаемым моделям можно почитать по ссылке.
А в постах с тегом "Зd" можно почитать про опыт пользователей, которые уже делали модели для Яндекс.Карт и их рекомендации.

А какой смысл сейчас создавать 3Д модели, если в десктопной версии все равно вид строго сверху? И все получается плоским. Разве что в мобильной версии можно покрутить эту модель со всех сторон.