Только измените, пожалуйста, сразу названия уровней (вместо "мост" - "+1", вместо "тоннель" - "-1" и т.д.), чтобы не было путаницы уровней с обозначением инженерных сооружений.

Да, в том же OpenStreetMap есть отдельные понятия bridge, tunnel (мост, туннель - описывают инженерное сооружение) и layer (уровень - целое число, чем больше, тем выше объект)

Вообще-то я не уверен, что для рек это нужно. Боюсь, некоторые начнут под каждым мостом ставить на реке уровень "тоннель".

Это место (в Карманове) уникально, нарисовано оно хорошо: http://n.maps.yandex.ru/-/CNq9N9b

Есть еще, правда, место, где канал идёт как бы по эстакаде:
http://n.maps.yandex.ru/-/CNq9Rxr
Всё равно непонятно, как его правильно рисовать.

Место в Карманове не уникально. Рядом с указанной Вами эстакадой есть такое же место, где пересекается р. Химка.
http://n.maps.yandex.ru/-/CNq97cS
И вообще, мест, где река спрятана в трубу и в Москве и в Питере много. И во Владимире, вроде, встречал такое.

Что касается указанного Вами места, где канал по эстакаде - там сейчас правильно нарисовано, что шоссе в туннель уходит - я там бывал, выглядит именно туннель-туннелем. Туннели под реками, опять же, частое явление.

Еще бывают акведуки - когда река/канал по мосту идут - те действительно редкость. Вот такой в Англии, например:
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A4%D0%B0%D0%B9%D0%BB:Pontcysyllte_aqueduct_arp.jpg

Согласен, это место можно считать тоннелем, хотя уровень шоссе там снижается  незначительно.
Я бы обозначил шоссе уровнем 0, канал +1, ЖД +2, речку Химку  -1.

Вот ещё одно странное место.
http://n.maps.yandex.ru/-/CNqDFlB
Здесь метромост переходит непосредственно в тоннель (на снимке его ещё нет, там крутой берег, и мост в него утыкается).

Ну что ты будешь делать...