Сами водотоки рисовать по общим правилам, границы пересекающихся линейных рек образуют пересечение, это нормально, если отрисовывать контурами, то образуется 4 узла на пересечениях, это тоже нормально.
Акведук как сооружение можно обозначить контурным мостом (категория "Дорожная инфраструктура"), при наличии названия - проименовать его.