И первый вопрос: «Серьёзно?». Ответ: «Да, абсолютно».

Ну, а если действительно серьёзно, то много слов не нужно. В общем, теперь можно во всеуслышание заявить: «Отныне проблема жёлтых точек решена!». И это действительно так.

Теперь о том, как это всё происходит.

При запуске скрипта пользователь видит окно:

Координаты вводятся в современном формате: [широта], [долгота] (например, 52.058243, 47.648066).

Координаты точки проще всего получить щелчком правой кнопкой мыши по нужной точке:

В появившемся окошке с координатами нажимаем на кнопку «копировать»:

Вставляем координаты в окно скрипта, выбираем слой и нажимаем «Найти точку».

Скрипт сделает запрос на наличие точек пересечения для выбранного слоя в окрестностях введённой координаты и выведет ближайшую из таких точек:

Вы можете посмотреть предполагаемый объект в новой вкладке, нажав по кнопке «Посмотреть», либо сразу нажимать «Удалить». Ничего «вредного» сервер Вам сделать не даст,  максимум будет лишь сообщение об ошибке).

В случае успешного проведения операции удаления Вы получите соответствующее уведомление:

В Вашей истории правок после этого появится запись об этой операции.

_______________________________________________________________________________________________________

Скрипт реализован в виде букмарклета, так как, на мой взгляд, делать в браузере висящую кнопку для вызова скрипта в данном случае не имеет смысла.

Код букмарклета (last update 22:36 23.08.18):

javascript:

function loadScripts( src, callback ) {
    var script = document.createElement("SCRIPT"),
        head = document.getElementsByTagName( "head" )[ 0 ],
        error = false;
    script.id = "jQ";
    script.type = "text/javascript";
    script.onload = script.onreadystatechange = function( e ){
        if ( ( !this.readyState || this.readyState == "loaded" || this.readyState == "complete" ) ) {
            if ( !error ) {
                removeListeners();
                callback( true );
            } else {
                callback( false );
            }
        }
    };
    script.onerror = function() {
        error = true;
        removeListeners();
        callback( false );
    }; 
    function errorHandle( msg, url, line ) {
        if ( url == src ) {
            error = true;
            removeListeners();
            callback( false );
        }
        return false;
    }
    function removeListeners() {
        script.onreadystatechange = script.onload = script.onerror = null;
 
        if ( window.removeEventListener ) {
            window.removeEventListener('error', errorHandle, false );
        } else {
            window.detachEvent("onerror", errorHandle );
        }
    }
    if ( window.addEventListener ) {
        window.addEventListener('error', errorHandle, false );
    } else {
        window.attachEvent("onerror", errorHandle );
    }
    script.src = src;
    head.appendChild( script );
}

function exit(){document.getElementById('okn').parentNode.removeChild(document.getElementById('okn'));}
function letsgo(){
    var zn = document.getElementById('in1').value;
    var s = 0;
    do{ s++; if(s>zn.length){f=1; break;}}
    while(!(zn[s] == ','));
    if(f==0){b[0]=zn[0];
    b[1]=zn[s+2];
    for(var i = 1; i<s; i++)b[0]+=zn[i];
    for(var i = s+3; i<zn.length; i++)b[1]+=zn[i];
    b[0]=Number(b[0]);
    b[1]=Number(b[1]);}
    if(!((b[0] === undefined) || (b[1] === undefined) || (b[0] === null) || (b[1] === null) || isNaN(b[0]) || isNaN(b[1]))){
    type = document.getElementById('in2').selectedIndex;
    document.getElementById('okn').parentNode.removeChild(document.getElementById('okn'));
    var jQ = document.getElementById('jQ');
    if (jQ === null){loadScripts('https://yastatic.net/jquery/3.1.1/jquery.min.js', function(status){if (status) { fun1()};});
                    }else fun1();
    }else{f=0; alert('Координаты введены некорректно'); document.getElementById('ext').onclick = exit; document.getElementById('lg').onclick = letsgo; document.getElementById('in1').onkeypress=function(e){
    if(e.keyCode==13){
        letsgo();
    }
};
    document.getElementById('in2').onkeypress=function(e){
    if(e.keyCode==13){
        letsgo();
    }
};}}

function fun1(){$.ajax({
    url : "https://n.maps.yandex.ru/api/batch",
    type : "POST",
    data : {
        "branch" :  0,
        "methods" : null,
        "token" : JSON.parse(localStorage.getItem('nk:token')),
        "lang" : "ru",
        "csrf_token" : null},
    success : function(data){tok = data.meta.csrfToken; f=0; fun2();},
    error : function(){f+=1; if(f<5){
        if(f<5){if(confirm('Не удалось выполнить запрос № 1. Осталось попыток: '+(5-f)+'. Попробовать снова?'))fun1();}}
        else{alert('Не удалось выполнить запрос. Попробуйте позже.');}}
});}

function fun2(){ 
    var lat = b[0];
    var lon = b[1];
    lat = lat * Math.PI / 180.0;
    var a = 6378137;
    var k = 0.0818191908426;
    var z1 = Math.tan(Math.PI / 4 + lat / 2) / Math.pow(Math.tan(Math.PI / 4 + Math.asin(k * Math.sin(lat)) / 2) , k);
    var pix_Y = Math.round((20037508.342789 - a * Math.log(z1)) * 53.5865938 / Math.pow(2.0, 23 - z));
    lat = Math.round(pix_Y / 256);
    lon = lon * Math.PI / 180.0;
    var pix_X = Math.round((20037508.342789 + a * lon) * 53.5865938 / Math.pow(2.0 , 23 - z));
    lon = Math.round(pix_X / 256);
    for(var i = 0; i<9; i++){
        method[i].params.x += lon;
        if(method[i].params.x<0)method[i].params.x=Math.pow(2,z);
        if(method[i].params.x>Math.pow(2,z))method[i].params.x=0;
        method[i].params.y += lat;
        method[i].params.zoom = z;
        method[i].params.categories = cat[type];
    }
    $.ajax({
    url : "https://n.maps.yandex.ru/api/batch",
    type : "POST",
    data : {
        "branch" :  0,
        "methods" : JSON.stringify(method),
        "token" : JSON.parse(localStorage.getItem('nk:token')),
        "lang" : "ru",
        "csrf_token" : tok},
    success : function(data){
        if(!((data.data[0].data === null) || (data.data[0].data === undefined))){
        f = 0;
        type = data;
        fun3();}
        else{f+=1; if(f<5){
        if(confirm('Не удалось выполнить запрос № 2. Сервер сообщил об ошибке. Осталось попыток: '+(5-f)+'. Попробовать снова?'))fun2();}
        else{alert('Не удалось выполнить запрос. Попробуйте позже.');}}
    },
    error : function(){f+=1; if(f<5){
        if(confirm('Не удалось выполнить запрос № 2. Осталось попыток: '+(5-f)+'. Попробовать снова?'))fun2();}
        else{alert('Не удалось выполнить запрос. Попробуйте позже.');}}
});}

function fun3(){
    b[0] = b[0] * Math.PI / 180.0;
    b[1] = b[1] * Math.PI / 180.0;
    for(var i = 0; i<9; i++){
        for(var j = 0; j < type.data[i].data.data.features.length; j++){
            lat = type.data[i].data.data.features[j].properties.geoObject.geometry.coordinates[1];
            lon = type.data[i].data.data.features[j].properties.geoObject.geometry.coordinates[0];
            lat = lat * Math.PI / 180.0;
            lon = lon * Math.PI / 180.0;
            z = Math.acos(Math.sin(b[0])*Math.sin(lat)+Math.cos(b[0])*Math.cos(lat)*Math.cos(lon-b[1]));
            if(z<min){min = z; mas[0]=i; mas[1]=j;}
        }
    }
    if(!(mas[0] === null)){
        z = type.data[mas[0]].data.data.features[mas[1]].properties.geoObject.id;
        var htm = '<div id="okn1" style="position: fixed; z-index: 99999; right: 600px; top: 350px;  background: #fff"><form><fieldset><legend>Удаление точек пересечения границ</legend><p>Предполагаемый объект:</p><table><tr><td>ID: '+z+'</td><td><a class="button10" href="https://n.maps.yandex.ru/#!/objects/'+z+'" target="_blank">Посмотреть</a></td></tr><tr><td><br></td></tr><tr><td><a class="button10" id="ext1">Выйти</a></td><td><a class="button10" id="lg1">Удалить</a></td></tr></table></fieldset></form></div>';
        document.getElementsByTagName('body')[0].insertAdjacentHTML('beforeEnd',htm);
        document.getElementById('ext1').onclick = exit1; 
        document.getElementById('lg1').onclick = prefun4; 
    }else{alert('Не удалось найти точку. Попробуйте в следующий раз задать координаты более точно.');}
}

function exit1(){document.getElementById('okn1').parentNode.removeChild(document.getElementById('okn1'));}

function prefun4(){
    req[0].params.id = z;
    document.getElementById('okn1').parentNode.removeChild(document.getElementById('okn1'));
    fun4();
}

function fun4(){
    $.ajax({
    url : "https://n.maps.yandex.ru/api/batch",
    type : "POST",
    data : {
        "branch" :  0,
        "methods" : JSON.stringify(req),
        "token" : JSON.parse(localStorage.getItem('nk:token')),
        "lang" : "ru",
        "csrf_token" : tok},
    success : function(data){
        if(!((data.data[0].data === null) || (data.data[0].data === undefined))){alert('Точка успешно удалена');}
        else{f+=1; if(f<5){
        if(confirm('Не удалось выполнить запрос № 3. Сервер сообщил об ошибке: '+data.data[0].error.type+'. Осталось попыток: '+(5-f)+'. Попробовать снова?'))fun4();}
        else{alert('Не удалось выполнить запрос. Попробуйте позже.');}}
    },
    error : function(){f+=1; if(f<5){
        if(confirm('Не удалось выполнить запрос № 3. Осталось попыток: '+(5-f)+'. Попробовать снова?'))fun4();}
        else{alert('Не удалось выполнить запрос. Попробуйте позже.');}}
});
}

var f = 0;
var z = 21;
var b =[null,null];
var mas = [null, null];
var min = 1000;
var type;
var req = [{"method":"editor/deleteGeoObject","params":{"id":null}}];
var method = [{"method":"editor/getGeoObjectHotspots","params":{"x":-1,"y":+1,"zoom":21,"categories":null}},{"method":"editor/getGeoObjectHotspots","params":{"x":0,"y":+1,"zoom":21,"categories":null}},{"method":"editor/getGeoObjectHotspots","params":{"x":+1,"y":+1,"zoom":21,"categories":null}},{"method":"editor/getGeoObjectHotspots","params":{"x":-1,"y":0,"zoom":21,"categories":null}},{"method":"editor/getGeoObjectHotspots","params":{"x":0,"y":0,"zoom":21,"categories":null}},{"method":"editor/getGeoObjectHotspots","params":{"x":+1,"y":0,"zoom":21,"categories":null}},{"method":"editor/getGeoObjectHotspots","params":{"x":-1,"y":-1,"zoom":21,"categories":null}},{"method":"editor/getGeoObjectHotspots","params":{"x":0,"y":-1,"zoom":21,"categories":null}},{"method":"editor/getGeoObjectHotspots","params":{"x":+1,"y":-1,"zoom":21,"categories":null}}];
var cat = ["hydro_fc_jc", "vegetation_jc", "ad_jc", "relief_jc"];
var sk = document.getElementById('sk');
if (sk === null){document.getElementsByTagName('body')[0].insertAdjacentHTML('beforeEnd','<style id="sk">a.button10 {display: inline-block; color: black; font-size: 110%; text-decoration: none; user-select: none; padding: .25em .5em; outline: none; border: 1px solid rgb(250,172,17); border-radius: 7px; background: rgb(255,212,3) linear-gradient(rgb(255,212,3), rgb(248,157,23)); box-shadow: inset 0 -2px 1px rgba(0,0,0,0), inset 0 1px 2px rgba(0,0,0,0), inset 0 0 0 60px rgba(255,255,0,0); transition: box-shadow .2s, border-color .2s;} a.button10:hover { box-shadow: inset 0 -1px 1px rgba(0,0,0,0), inset 0 1px 2px rgba(0,0,0,0), inset 0 0 0 60px rgba(255,255,0,.5);} a.button10:active { padding: calc(.25em + 1px) .5em calc(.25em - 1px); border-color: rgba(177,159,0,1); box-shadow: inset 0 -1px 1px rgba(0,0,0,.1), inset 0 1px 2px rgba(0,0,0,.3), inset 0 0 0 60px rgba(255,255,0,.45);}</style>');}
document.getElementsByTagName('body')[0].insertAdjacentHTML('beforeEnd','<div id="okn" style="position: fixed; z-index: 99999; right: 600px; top: 350px;  background: #fff"><form><fieldset><legend>Удаление точек пересечения границ</legend><table><tr><td>Координаты:</td><td><input type="text" autocomplete="off" size="15" id="in1"></td></tr><tr><td>Слой:</td><td><select id="in2"><option selected>Гидрография</option><option>Растительность</option><option>АТД</option><option>Рельеф</option></select></td></tr><tr><td><a class="button10" id="ext">Выйти</a></td><td><a class="button10" id="lg">Найти точку</a></td></tr></table></fieldset></form></div>');
document.getElementById('ext').onclick = exit; 
document.getElementById('lg').onclick = letsgo;
document.getElementById('in1').onkeypress=function(e){
    if(e.keyCode==13){
        letsgo();
    }
};
document.getElementById('in2').onkeypress=function(e){
    if(e.keyCode==13){
        letsgo();
    }
};

Установка стандартно через диспетчер закладок браузера (в Яндекс.Браузере и Google Chrome можно открыть комбинацией клавиш Ctrl + Shift + O).

P. S. Создание этого скрипта было довольно увлекательным занятием. Помимо подробного наблюдения за работой веб-редактора НЯКа пришлось изучить достаточно материала по проекции Меркатора, используемым в геосервисах параметрам земного шара, устройству данных в геосервисах, формированию тайлов, залезать в геометрию (в частности, вычислять длину ортодромии) и др.

Ну что ж, главное, что всё удалось :)