Да, учитывает. Данные разделы будут исключены из поиска. Чтобы они были в поиске, нужно использовать Поиск для интернет-магазинов. А можете привести пример контента, который нужен в поиске для сайта, но не нужен в большом поиске? Просто кейс не очень понятен, зачем нужна такая функциональность.
у яндекса хороший поиск по сайту, встроенного поиска такого качества на сайте средствами cms не сделать. На сайте есть много контента, по которому надо искать, но контент неуник (а также с переспамом ключа и еще куча причин забанить его в большом яндексе) при этом людям этот контент нужен и поиск по нему, потому ему в нормальном поиске не нужно быть, да и по объему его больше, чем "нормального" контента, если большому яндексу разрешить такое индексить - это будет бан сайта скорее всего. Т.е. сейчас для такого контента можно выкрутиться только вынести его на субдомен или на отдельный домен, чтоб все проиндексить? Не планируете завести отдельный user-agent индексатору поиска для сайта, чтоб ему отдельно можно было прописывать указания в robots.txt?