Согласно «Списка населённых мест Вятской губернии 1859-1873 гг.» в удельной деревне Пещеры малыя 20 дворов, 166 жителей. В «Материалах по статистике Вятской губернии. Подворная опись 1884-1893 гг.» число дворов 34, 168 жителей, описывается так: Деревня Малыя Пещеры расположена при рѣчкѣ Рагозихѣ, въ 12 вер. отъ уѣзднаго города и въ 8 верстахъ отъ мѣстныхъ центровъ. Населяютъ деревню русскіе, б. удѣльные крестьяне, православные. Основана деревня около 150 лѣтъ тому назадъ московскими бѣглецами, скрывшимися отъ сбора податей. Въ населеніи ходятъ разсказы про Пугачева (такія-же, какъ и въ Макшакахъ) и про разбойника Пѣтухова, который жилъ со своей шайкой вблизи этой мѣстности, жегъ села и деревни, грабилъ и убивалъ людей. На «Поползинской горѣ» онъ раскладывалъ вѣники, зажигалъ ихъ и приказывалъ бросать въ огонь тѣхъ людей, которые не хотѣли сказать, гдѣ у нихъ спрятаны деньги. Земля раздѣлена по ревизскимъ душамъ. Въ деревнѣ 2 вѣялки. Административно деревня входила в состав Нечкинсой волости, с 1924 года в разные годы в Макшаковский, Нечкинский, Яромасский, Дулесовский сельсоветы.
Последнее упоминание о деревне в «Списках населённых пунктов Удмуртской АО / АССР» 01.06.1965 года.