В сентябре климат в Мата-ди-Сан-Жуан можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 26 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мата-ди-Сан-Жуан 14 ясных, 11 дождливых и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые.