В сентябре климат в Сан-Хуан-Баутисте можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 24 градуса тепла. В среднем в сентябре в Сан-Хуан-Баутисте 17 ясных, 8 с переменной облачностью, 4 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в августе Сан-Хуан-Баутиста cчитается местом, комфортным для посещения.