Если на АЗС есть заправщик, скажите ему, что оплачиваете топливо в приложении.
Если приложение попросит — сообщите объём и тип топлива заправщику.
Вы можете выбрать способ заранее или во время заправки: для этого зайдите в Профиль → Яндекс.Заправки → Способ оплаты.