У дятлов очень специальное строение черепа, в котором существует просто огромная куча защитных механизмов, смягчающих удар (например, нижняя часть клюва длиннее верхней, энергия от удара передаётся не в череп, а в подвижную челюсть - уже легче). И непосредственно до мозга доходит лишь незначительная часть энергии.
Впрочем, нужно заметить, что влияние этой энергии пока что просто не изучено - в семидесятых проводились исследования, но они могли быть не особо точными (просто в силу времени). Так что вполне возможно, что стук по дереву всё-таки не очень хорошо влияет на голову дятла, но мы об этом просто пока не знаем.