Нет.
"Аминь" происходит от древнейеврейского אָמֵן (а́мэн)- "верно, да будет так".
А насчёт Амона… Дело в том, что мы, строго говоря, не совсем знаем, как произносятся древнеегипетские слова, потому что египтяне записывали только согласные звуки. И большинство древнеегипетских имён и названий, к которым мы привыкли - это просто заимствованные греческие адаптации. То есть, имя "Амон" на самом деле было записано как JMN, и, скорее всего, произносилось как "Яма́ну" (и то, это прям очень предположительно) и означало "незримый, невидимый, скрытый" (а вот это уже точно).
Какое-то близкое сходство в звучании ("амэ́н" и "амо́н") эти слова получили только когда попали в древнегреческий язык, и адаптировались под его правила. Ну а уже оттуда они в похожем виде добрались и до славянских языков.
Так что близкой связи между этими словами нет, они просто случайно оказались похожи по звучанию в современном языке.