Все зависит от:
а) операционной системы
б) как вы будете использовать ЭЦП
в) сервисы которые вы будете использовать
Но общая схема примерно такая
Для начала надо установить обвязку криптоконтейнера, например криптопро. Это опция платная и платить за использование придётся каждый год
Затем поставить приложение управления токеном - устройством на котором хранятся эцп. Например Рутокен, причём, в зависимости от типа хранилища будут устанавливаться разные приложения
Если планируется работа с удаленными сервисами где есть ЭЦП надо поставить плагин на используемый браузер, у каждого он свой.
Есть еще нюансы для операционных систем связанные с неправильными правами, но это уже тонкости