Сама молекула - модель мельчайшей частицы вещества. Хотя с помощью атомно-силового микроскопа можно увидеть отдельные молекулы и атомы, однозначно интерпретируемая визуализация электронов, за счёт которых предположительно связаны атомы в молекуле, затруднена. Более того, электронов в молекуле может быть много, и они все взаимодействуют с атомными ядрами и друг с другом. Также, атомы и электроны в отдельно взятой молекуле слабее взаимодействуют с гравитационными полями на них действует меньшая сила тяжести, чем на крупные объекты, и, если при рассмотрении отдельной молекулы гравитацией пренебрегают, в крупной модели это игнорировать не получится.
Именно поэтому существование более-менее достоверной макромодели молекулы, скорее всего, невозможно.
Обычно моделирование молекул производят с помощью квантовохимических расчётов на компьютере, для этого существует множество программ, в том числе бесплатных, но, для того, чтобы точно смоделировать нужную молекулу, важно разбираться в том, какие упрощения допускает программа.