Какие преимущества получает добропорядочный гражданин, отчисляющий 4% получаемых арендных платежей с квартиры?

Никаких.

Он лишь лишается 4% своих доходов получая некую гарантию, что он не "попадет" на штраф за недоплату налога.

Кому то такая гарантия нужна, кому то нет. По факту привлечь человека к ответственности за неуплату налога с доходов от аренды почти невозможно. Рассказы об огромных штрафах за это не более чем сказки.