"Отменить" декларацию невозможно. Но можно подать корректировку, где указать верные цифры и расчеты. В этом случае можно будет вернуть излишне уплаченный налог.
Для этого нужно составить 3-НДФЛ, указать признак корректировки=1 и заполнить доход от продажи единственной квартиры = 0. В результате НДФЛ к уплате будет 0 руб.
К декларации приложите заявление с указанием реквизитов счета, куда ИФНС должна будет вернуть налог.