Потому что функциональную значимость признаки получают только при различении морфем, то есть внутри системы языка, а без знания этой системы определение любых признаков как функционально значимых не может ни на что опереться. Более того, носитель другого языка часто может даже не заметить различия, функционально значимого для данного языка.
Например, немцы не слышат разницы между "з" и "с": помню, одна русскоговорящая немка при мне пыталась объяснить другому немцу, нерусскоговорящему, какая разница в звучании между "Саша" и "Заша", а он никак не мог понять. Потому что это различение для них нефункционально, оно снимается, например, в позиции между гласными.