Работодатели обязаны вести определенные виды учета, в том числе воинский учет. Некоторые про эту обязанность забывают, поэтому, скорее всего тот самый случай, когда наклевывается проверка, а доков нет.
Насчет планов уволить.. не думаю, для увольнения "военник" точно не нужен, если Вы не в армии работаете=)