Извините, но подтвердить этот ответ в его текущем виде я не могу. Я верю в благие намерения автора, в то что он хотел помочь, но первый пункт ответа это просто ложная информация. Действительно, можно превратить скрипт для node.js в exe-файл, но никто так не делает для серверного развёртывания приложений в веб. На сервере скорее всего будет установлен Линукс, на котором этот exe не заработает. Кроме того, кроме node.js могут быть и другие зависимости (автор уже упомянул монго).
Второй пункт в теории рабочий, но он предполагает, что на сервере всегда будут установлены нужные версии всех зависимостей, и что можно будет выполнить все нужные команды вручную. Это далеко не всегда так. На сервере может не быть ни npm, ни Node.js, это совершенно нормальная ситуация. Кроме того, могут требоваться другие зависимости и не будет доступа к инструментам администрирования сервера. Существует несколько решений для развёртывания приложений в таких условиях, самое популярное сейчас это контейнеризация.