Вариант "платить по QR-коду" является наиболее правильным. Код в данном случае выступает как некий выставленный продавцом документ, в соответствии с которым нужно произвести оплату, поэтому фраза продолжает ряд аналогичных устоявшихся выражений "платить по счету", "платить по векселю", "платить по накладной".
Вариант "платить QR-кодом" неудачен, так как творительный... Читать далее