Общая рекомендация - готовиться к судебному разбирательству.
Для чего, среди прочего, необходимо собрать доказательства нарушения процедуры приемки работ (уведомления, претензии в адрес заказчика), а также объема выполненных работ (исследование/экспертиза/оценка).