Николай, позвольте начать свой ответ с уточнения:
все ВМО (военные медицинские организации) медицинскую деятельность осуществляют на основании федеральных Лицензий. И , значит, вакцинацию проводят также согласуясь с федеральными законами. Для учета используется единая государственная информационная система. Правила работы в ней унифицированы для всех. Потому после введения Вам вакцин данные об этом были внесены в те же сроки и в том же порядке, как делается это в ЛПУ Министерства здравоохранения.
Попробуйте начать решение своей проблемы с посещения своего личного кабинета на Госуслугах. Внимательнейшим образом просмотрите данные своего профиля- нет ли расхождений между данными, указанными на портале и теми, что Вы предоставили при вакцинации в военной поликлинике? Это самый часто встречающийся вариант "недоразумений".
Лишь затем обращайтесь с претензиями в ВМО. Везде работают "живые люди". Ошибки могут быть, но они УСТРАНИМЫ!
А я желаю Вам здоровья!