Такое часто бывает при проблемах с жестким диском. Поэтому в первую очередь проверьте его, посмотрите смарт состояние. Можно также его физически вынуть. Если все станет работать быстро (до загрузки с флешки или выдачи сообщения, что не с чего грузиться), то действительно проблема диска.
Но могут быть и другие проблемы по железу.