Почему буквы так называются? "Ша", а не "эш", "эн", а не "нэ" и т.д.?

Начать стоит с того, что до Екатерины II названия букв были еще веселее - аз, буки, веди, вот это все. Каждая буква "имела" свое существительное. Так люди и учили язык - люди + аз = ла, аз + хер = ах и т.д. Однако Екатерина II при учреждении народных училищ выпустила указ, согласно которому произношение букв должно было упроститься. Так и появились ша, ща, эн, эс и т.д. 

Ответ на вопрос, почему произносится ша, а не эш, крайне прост. Дело в том, что новые названия букв позаимствовали из латинского алфавита. А те буквы, которых там не было - ша, ща и другие (исключение - че) - остались со старым названием. Есть и другие интересные особенности изменения названий букв: так, например, "пэ" и "вэ" в екатерининские времена писались и читались "пе" и "ве", то есть произносились мягко. Твердое произношение окончательно закрепилось в языке только во второй половине XX века.

Таким образом названия букв тесно связаны с развитием народного образования и постепенным упрощением языка.