Первое что стоит сделать - запросить сверку с налоговой и проверить есть ли недоплаты и переплаты по налогам, отчет о сданных декларациях. Попросить акты сверок с основными поставщиками и покупателями. Проверить соответствие данных с данными в учетных регистрах. А лучше заказать инициативный аудит, чтобы сторонний специалист проверил, а потом объяснил собственнику состояние учета.