На данный момент у нас довольно либеральное законодательство в этой сфере и отсутствует схема официальной аккредитации музеев, поэтому с юридической точки зрения никаких проблем нет. Хотя если вы планируете работать с благотворительными фондами, то лучше создать юридическое лицо (ЧУК или АНО). В идеале, конечно, если коллекция действительно ценная, то лучше занести её в негосударственную часть Музейного фонда РФ, но это вызовет очень серьезные ограничения.
С организационной точки зрения, надо помнить, что не так сложно музей открыть, как потом содержать, поэтому желательно с помощью професионалов подготовить концепцию и стратегию его развития, и быть готовым к тому, что это будет планово убыточная история.
С технической стороны, много зависит от состава коллекции, поэтому тут универсальных рецептов нет. В принципе есть много литературы на эту тему, например, Planning Successful Museum Building Projects Уолтера Кримма или учебник по музейному менеджменту Гейл и Барри Лордов.