У вас есть право выбора:
1) воспользоваться налоговым вычетом (размер такого вычета не может превышать 1 000 000 руб.),
2) просто уменьшить свои доходы от продажи квартиры на сумму произведенных при покупке этой недвижимости расходов. В данном случае определяющую роль играет размер расходов и наличие подтверждающих документов. Если затраты меньше 1 000 000 руб. или документы вызывают сомнения, налогоплательщики отдают предпочтение вычету (1 вариант).
Право на вычет в таких случаях возникает в налоговом периоде, когда доходы от продажи данного имущества фактически получены.
Более подробно о данных вариантах вы можете почитать в статье:
Благочестивый вещатель Ренат М. вопрос был задан по продаже квартиры, а не покупки.