В сущности, химия - это физика взаимодействия электронных оболочек атомов. Но, во-первых, исторически сложилось так, что химия появилась и развивалась как отдельная наука еще во времена, когда об электронных оболочках никто и знать не знал (не говоря уж о квантовой механике). И, во-вторых, сложность квантовомеханических расчетов быстро растет по мере усложнения системы. Поэтому химия по-прежнему во многом осталась самостоятельной областью науки, а не какой-нибудь "прикладной квантовой механикой".
Традиционно: химия занимается изучением взаимопревращения веществ. Физика - "внешним" взаимодействием тел без существенного изменения их внутреннего состояния. Но в области элементарных частиц физика и химия по сути неразделимы. Частицы не только взаимодействуют, но и взаимопревращаются.
У химии много общего с физикой, но предметом физики является изучение физических свойств вещества: вес, плотность, прочность, температура кипения/замерзания, скорость и т. д. В отличие от химии – это более обширная часть естествознания, которая занимается не только отдельными предметами (веществами) и их свойствами.