Чем церковь отличается от секты?

Сами по себе оба понятия имеют долгую историю. Изначально понятие "секта" имело двоякий смысл. С одной стороны, оно широко использовалось в значении "учение", "течение мысли". Поэтому, например, в старых востоковедческих работах можно встретить такие термины как "секта буддизма" применительно, например, к дзен (т.е., по сути, течение буддизма) или "философские секты" (в смысле, философские течения). В этом смысле слово "секта" не шло в паре с "церковью".

С другой стороны, понятие "секта" в богословском лексиконе было синонимом, а точнее латинским переводом, слова "ересь". И в этом смысле оно противопоставлялось "церкви" как, соответственно, отклонение от правильной религии.

Понятия "церковь" и "секта" в науке появились в социологической  литературе XIX – начала XX века (Вебер, Трёльч) и описывали общественные  реалии соответствующего времени. Реалии эти сводились к следующему. 

Существует государственная религия, принадлежность к которой является частью идентичности "по умолчанию". Ну, то есть, "русский значит православный", "англичанин значит англиканин", "испанец значит католик" и т.д. и т.п. Такая религия в рамках этого подхода называется "церковью". "Церковь" является, в особенности у Трёльча, источником традиций, социальной солидарности и идентичности. Принадлежность к ней определяется по факту рождения, а не личного выбора. Эмоциональный накал религиозной жизни минимален, традиции имеют приоритет над религиозным опытом.

Напротив, "секты" для Трёльча – это относительно небольшие группы, объединяющие людей с религиозным энтузиазмом, которые вступают в них по личному выбору, ведут активную релозную жизнь. Секта является протестом против формализма церкви и способом поиска  той активной духовной жизни, которая из церкви была вымыта. Секта понимается своими членами как сообщество избранных потому, что вступление в неё подразумевает личный выбор и соответствие определённым требованиям. И, поскольку Трёльч пишет конкретно о христианских церквях и сектах, не распространяя свой подход за пределы отношения между течениями христианства, ещё одной из характеристик секты для него является стремление следовать оригинальным евангельским образцам.

Кстати, у Трёльча есть ещё и иная категория, "мистицизм". Под которым он подразумевает индивидуальную, неинстуционализированную религию, выстраивающуюся вокруг личного опыта. Это похоже на современное понятие "духовности без религии". Важно отметить, что к "сектам" в трёльчевском смысле она не относится.

Как я уже сказал, работы Вебера и Трёльча описывали социальные реалии своего времени. В ХХ веке произошли значительные изменения в религиозной сфере, связанные с процессами глобализации, которая породила принципиально новую ситуацию религиозного плюрализма. В современном мире сложно говорить о том, что вот европейцы – они обязательно христиане, а вот, скажем, азиаты – обязательно буддисты (в Южной Корее, например, протестантизм более распространён, чем буддизм). 

Религии сосуществуют друг с другом в принципиально новых условиях по сравнению с тем, что мы наблюдали в Европе между IV и XIX вв. н.э. Государственные церкви, определяющие национальную идентичность, – это, простите, анахронизм, как бы о его возвращении ни мечтали некоторые религиозные деятели. А если нет церкви и церковников, то нет сект и сектантов, потому что это вещи, изначально определяемые друг через друга. 

А что есть? Есть по-разному организованные религиозные объединения, старые и недавно появившиеся, которые развиваются, конкурируют друг с другом и т.д. Именно поэтому многие религиоведы предпочитают избегать термина "секта" как бессмысленного для описания современных реалий и теологически нагруженного.

И христианство до поднятия его в государственный статус в Риме было всего лишь сектой. Признание на гос. уровне любой секты означает автоматический перенос ее в "религию".  Имхо.