За точками скрыты утраченные или так и не написанные главки или строки (например - XXXIX, XL и XLI главки 1 части (скорее всего) никогда не существовали).
Иногда главки даже были написаны и остались в черновиках, но затем Пушкин решил их не включать в итоговый текст романа: «Что есть строфы в «Евгении Онегине», которые я не мог или не хотел напечатать, этому дивиться нечего. Но, будучи выпущены, они прерывают связь рассказа, и поэтому означается место, где быть им надлежало. Лучше было бы заменять эти строфы другими или переправлять и сплавливать мною сохраненные. Но виноват, на это я слишком ленив. Смиренно сознаюсь также, что в «Дон-Жуане», есть две выпущенные строфы».
О том, зачем Пушкин пропускал главки, можно почитать здесь.