Прописка вовсе не влияет на выплату НДФЛ. На налогообложение влияет только срок владения недвижимостью, а для того, чтобы избежать уплаты этого налога, быть собственником квартиры необходимо в течение трех лет. Если же одна из квартир была приобретена в течение 90 дней до продажи второй, то минимальный срок владения также составит 3 года. Получается, что если вы в декабре 2016 года купили одну недвижимость, а в начале 2020 года купите еще одну квартиру, то до начала апреля следующего года вы сможете продать первую приобретенную площадь без подачи декларации 3-НДФЛ, и, соответственно, без уплаты налога. Все эти новшества коснутся не только квартир, но и земельных участков, на которых расположены жилые дома или хозяйственные пристройки.
С уважением, риэлтор Бросалин Артем Алексеевич