На официальном сайте сказано, что конкретно сейчас, если удалённо пополнять карту, то можно оплатить лишь баланс проездного билета "Кошелёк. Средства, которые уже внесены в "Кошелёк", нельзя потратить на оплату других видов.
А так, пополнить карту онлайн, то есть через интернет, можно по ссылке: http://transport.mos.ru/metro/pay_troika/
Вся информация о карте "Тройка": http://transport.mos.ru/#!/page/mostrans/oplata_proezda/troika