Лучшие или нет — это каждая команда решает для себя самостоятельно. Но я могу посоветовать несколько классных систем управления проектами, которыми успел попользоваться сам:
По моему мнению удобнее всего Asana в связке с приложениями по контролю действий и рабочего времени сотрудников. Удобный русскоязычный интерфейс, возможность ставить метки важности, уведомления о просрочке.
Один из самых популярных сервисов дл командной работы над проектами - это Trello. Там удобно создавать задачи, добавлять участников, выставлять сроки, контролировать процесс выполнения проектов и многое другое. Подобных сервисов много, но почему-то большинство пользуется именно этим.