Два варианта:
Вы ищете сайты по их брендовым запросам. Например, по запросам «Сбербанк» или «Кинопоиск» могут выдаваться несколько страниц одного и того же сайта
Яндекс показывает вам результаты поиска с учетом ваших персональных предпочтений. Если вы часто заходите с поиска на какие-то сайты (например, сайты-конкуренты), то лично для вас (для вашего компьютера) Яндекс может в списке показывать несколько страниц одного и того же сайта как по брендовым запросам, так и по другим запросам. Чтобы отключить это, вам нужно проверить позиции в режиме Инкогнито: