Обменять доли детей с одной квартиры на другую вы не сможете, так как сделки с несовершеннолетними и их родителями ( опекунами)запрещены законом (ст.37 Гражданского кодекса РФ). Можно только подарить, безвозмездно уступить несовершеннолетнему ребенку свое право, предоставить в безмозмездное пользование.
Ипотечная квартира находится в залоге у банка. Не каждый банк готов идти на риски с несовершеннолетними собственниками, именно поэтому доли несовершеннолетним детям при использовании маткапитала выделяются только после полного погашения кредита. Но банки разрешают купить в ипотеку жилье с разрешения органов опеки,если вы продаете квартиру с долями детей и покупаете встречный вариант
Вам надо было до продажи вашей предыдущей квартиры выделить там доли, а не у родственников и с разрешения органов опеки купить в ипотеку новую квартиру уже с долями детей. Такой бы вариант был бы оптимальный и всех устроил.
Сходите в опеку по месту регистрации детей и дополнительно получите у них консультацию.