Здравствуйте! Эти слова синонимичны. «По факту» употребляется в разговорной речи с тем же значением, что и «де-факто», а именно: «на самом деле, фактически».
Но «де-факто» обычно употребляется в паре с «де-юре». Если, например, сказать: «Де-факто Андрей Андреевич был директором компании», это будет означать, что де-юре он им не был (следует из значения слова «де-факто» – «нечто действительное, но не закреплённое законом»).
Резюмирую: оба варианта употребляются, но надо понимать оттенки значения, и многое зависит от контекста.
Кстати, «де-факто» и «де-юре» не выделяются запятыми.
P. S. «По факту» пишется раздельно, не через дефис.
Русский язык очень уникален. Например дать в морду и по морде логично, а дать в жопу и по жопе не очень. Де-факто это когда уже случилось, а по факту это когда случится. Например по факту поставки оплата и поставка совершена де факто