Потому что в этот момент поднимают флаг. Это уставное мероприятие, которое четко прописано. Кто, что и в каком порядке делает - все прописано. Тоже самое и перед отбоем всех строят и флаг опускают (всегда пытался найти подходящий синоним, но его там опускают) под исполнение гимна.
Я не знаю правда ли есть такое в армии, но если есть, то, скорее всего, для воспитания патриотизма. Где как ни в армии патриотический дух нужен, чтобы убивать за Родину нужен патриотизм.