Должен ли с ФОТ платиться НДС? Ведь из-за этого, предпринимателю чтобы заплатить работнику 100 руб., надо 76,28 руб. отдать государству (13% НДФЛ, 22% ПРФ, 2,9% ФСС, 5,1% ФОМС + 20% НДС на всю сумму)?

Предприниматель из фонда оплаты труда НДС не платит.
Предприниматель платит из своего кармана на фонд оплаты труда только ПРФ, ФСС, ФОМС.
НДФЛ платится из зарплаты работника.

НДС облагают стоимость товаров, работ или услуг, проданных предпринимателем. По сути налог платят с выручки от продаж. Поэтому данный налог к фонду оплаты труда (ФОТ) никакого отношения не имеет. Затраты на оплату труда - это расходная часть ИП. Но она не зависит ни от суммы полученного дохода, ни от суммы налогов, уплаченных с выручки.

Нет.ФОТ это заработная плата работника, для предприятия каждый заработанный рубль работника в виде з/платы становится дороже на 30%. А НДС может быть как положительной величиной для организации и он получает возврат ,так и отрицательной и у него возникает обязательство по его уплате.И расчет составленный не верен.