Два атома одного вещества полностью идентичны друг другу или имеют отличие?
Если взять два атомных ядра, они будут одинаковые и неотличимые?
Они будут неодинаковы, но мы с вами эту неодинаковость не сможем увидеть. Это связано с тем, что мы ограничены в средствах ощущения этого мира: видим глазами, чувствуем пальцами. А ядро меньше, чем различимый нами предел.
Что именно вы подразумеваете под полной идентичностью? С химической точки зрения эти два атома будут идентичны. Но при этом они могут обладать разной скоростью и двигаться в разных направлениях. А частицы из которых они состоят могут обладать различными энергиями и прочими квантовыми характеристиками.
Два атома будут полностью идентичны. Другое дело, что вы этого никогда не увидите, они слишком маленькие.
У них будет одинаковый вес ядра, одинаковое количество протонов, нейтронов и электронов.
Учитывая, что атомы состят из более мелких частиц (кварков), и то что это уже относится к квантовой физике, где частицы находятся в суперпозиции, т. е. неопределённости (одновременно являются и частицей и волной), то, скорее всего, атомы не идентичны друг-другу, что, правда, не машает им обладать одинаковыми свойствами.