Если я поменяю ядро сервера (Aternos) с vanila на какое-нибудь другое для установки плагинов, созданный мир и всё, что в нём есть пропадёт?

Нет, при смене с Vanilla на ядро для плагинов мир не должен пропасть, но при условии что вы меняете только ядро, а версию Minecraft оставляете такой же