Ну да, а атомы состоят из ядра и электронов, а ядро из нуклонов, а нуклоны из кварков и т.д. На самом деле, мы не знаем что именно мы должны уметь контролировать и что и как именно мы должны уметь менять, чтобы, как вы выразились, "создать все". Думаю, полный контроль нереален, потому что наша реальность ставит ряд принципиальных ограничений, которые мы не можем обойти только лишь силой нашей воли. Соответственно "создать все" мы не сможем никогда. Однако по мере развития науки и улучшения нашего понимания как устроена наша объективная реальность, наши возможности по контролю материи, а также, возможно, пространства-времени, будут возрастать.
Я думаю что да. Если все состоит из молекул, атомов, элементарных частиц и пр., то из этого конструктора можно собрать все что угодно, хоть другую вселенную, главное чтобы материала хватило. Никакие законы природы при этом не будут нарушены.
Для этого нужен аппарат наподобие 3D-принтера, способный работать с любым материалом. Пока это еще фантастика.