Добрый день. Конкретного ответа на это нет. Телеграм постоянно меняет политику хранения данных. Но можно однозначно сказать что сообщения между 2 собеседников удалятся с серверов если оба участника удалят их в переписке. Telegram некоммерческий продукт и по официальному заявлению они ценят каждый байт, потому оч вряд ли будут хранить ваши сообщения у себя.
Останутся. Вы же удаляете приложение, а не аккаунт.
Важно посмотреть в настройках, через сколько дней неактивности ваш аккаунт самоудалится (обычно это 360дней).